Область профессиональной деятельности магистров включает в себя совокупность принципов, средств, методов и способов человеческой деятельности, направленную на моделирование, анализ, синтез, производство и эксплуатацию технических объектов, приборов и устройств различного назначения для проектирования и управления сложными системами, ресурсами, процессами и технологиями.
Объектами профессиональной деятельности магистров являются сложные технические, информационно-управляющие, конструкторско-технологические и большие системы, а также объекты, требующие для управления системно-аналитического подхода.
Магистр по направлению подготовки 220100 Системный анализ и управление готовится к следующим видам профессиональной деятельности:

• научно-исследовательская;
• проектно-конструкторская;
• проектно-технологическая;
• научно-педагогическая;
• организационно-управленческая.

По окончании обучения выпускнику, успешно прошедшему итоговую государственную аттестацию, наряду с квалификацией (степенью) "магистр" присваивается специальное звание "магистр-инженер".
(абзац введен Приказом Минобрнауки РФ от 18.05.2011 N 1657)
Магистр по направлению подготовки 220100 Системный анализ и управление должен быть подготовлен к решению профессиональных задач в соответствии с профильной направленностью ООП магистратуры и видами профессиональной деятельности:

научно-исследовательская деятельность:

• постановка задачи и разработка плана научного исследования в области системного анализа и управления на основе библиографического исследования с применением современных информационных технологий;
• построение математических моделей объектов исследования и выбор численного метода их моделирования, разработка нового или выбор известного алгоритма решения задачи;
• системно-аналитическое исследование объектов техники, технологии и сложных систем на основе фундаментальной подготовки;
• разработка и адаптация методов фундаментальных наук для анализа и синтеза сложных систем;
• системно-аналитическое обеспечение инновационных технологий;
• системное прогнозирование основных тенденций развития науки, техники и технологий;
• разработка и использование унифицированного программного обеспечения для решения задач системного исследования и реализации управления в сложных системах;
• системное математическое моделирование и системная оптимизация объектов на базе разработанных и имеющихся средств исследования и проектирования, включая стандартные и специализированные пакеты прикладных программ;

проектно-конструкторская деятельность:

• системная интеграция технологий;
• системный анализ эффективности средств индустрии и информатики;
• подготовка заданий на разработку проектно-конструкторских решений;
• разработка проектов сложных систем различного назначения, обоснование выбора аппаратно-программных средств на основе методов системного анализа и оптимальных методов принятия решений;
• системная экспертиза проектно-конструкторских решений;
• разработка проектов систем оптимального, адаптивного и робастного управления сложными объектами различной природы;
• системное преодоление неопределенностей в представлениях окружающей среды и технических объектов;
• системное управление в конфликтных ситуациях в распределенных системах;
• системное планирование действий технических объектов;
• системная верификация технических объектов;
• разработка проектов системного анализа производственных и научных задач;
• концептуальное проектирование сложных изделий;
• разработка и реализация проектов по интеграции сложных систем в соответствии с методами системного анализа;
• разработка эскизных, технических и рабочих проектов изделий с использованием передового опыта разработки конкурентоспособных изделий;
• разработка методических и нормативных документов, технической документации, а также предложений и мероприятий по реализации разработанных проектов и программ;

проектно-технологическая деятельность:

• разработка инструментальных средств реализации проектов;
• применение автоматизированных систем разработки сложных систем;
• применение автоматизированных систем технологической подготовки производства;
• разработка технических заданий на проектирование и изготовление нестандартного оборудования и средств технологического оснащения и их реализация;
• разработка технических заданий на проектирование средств управления и технологического оснащения промышленного производства и их реализация с помощью средств автоматизированного проектирования;
• выбор систем обеспечения экологической безопасности производства;

научно-педагогическая деятельность:

• выполнение педагогической работы на кафедрах высших учебных заведений;
• участие в разработке программ учебных дисциплин и курсов на основе изучения научной, технической и научно-методической литературы, а также собственных результатов научных исследований;
• постановка и модернизация лабораторных работ и практикумов по дисциплинам;
• разработка методических материалов, используемых студентами в учебном процессе;
• применение и разработка новых образовательных технологий, включая системы компьютерного и дистанционного обучения;
• организационно-управленческая деятельность:
• системная экспертиза инфраструктур, образующих компонентов и процессов их взаимодействия;
• организация работы коллектива исполнителей, определение порядка выполнения работ на основе методов принятия решений;
• поиск оптимальных решений при создании продукции с учетом требований качества, надежности и стоимости, а также сроков исполнения, безопасности жизнедеятельности и экологической чистоты;
•   системное планирование действий по модернизации техники и технологий;
• ситуационное организационное управление ресурсами, процессами и технологиями;
• профилактика производственного травматизма, профессиональных заболеваний, предотвращения экологических нарушений;
• подготовка заявок на изобретения и промышленные образцы;
• адаптация современных систем управления качеством к конкретным условиям производства на основе международных стандартов;
• подготовка отзывов и заключений на проекты, заявки, предложения по вопросам системного анализа и управления.